관세청이 ‘수정수입세금계산서’ 발급 관련 절차를 명확히 하기 위해 **‘수정수입세금계산서 발급 지침’**을 마련하고, 12월 5일부터 외부 의견 수렴을 시작한다고 밝혔다.

■ 발급 기준 명확화로 납세 예측 가능성·법적 안정성 강화

이번 지침은 그동안 불명확하게 해석돼 왔던 ‘미발급 사유’의 판단 기준을 구체화해 납세자의 혼란을 줄이고, 전국 세관의 업무 기준을 통일하기 위한 목적에서 제정됐다.

관세청은 이를 통해 기업의 행정 부담 완화, 성실신고 유도, 그리고 세관 행정의 일관성 확보를 기대하고 있다.

■ 수정수입세금계산서란?

수입자는 물품을 수입할 때 세관에 부가가치세를 납부하고, ‘수입세금계산서’를 통해 매입세액 공제를 받아 납부세액을 줄일 수 있다.
하지만 과세표준이나 세액이 변동될 경우, 이를 반영하기 위해 **‘수정수입세금계산서’**가 필요하다.

다만, 부가가치세법령상 관세포탈이나 중대한 신고 오류 등 일정 사유에 해당할 경우 수정수입세금계산서가 발급되지 않아 추가 납부세액에 대한 매입세액 공제를 받을 수 없다.

■ ‘미발급 사유’ 판단기준 세분화… 실무 혼란 해소 기대

이번 지침에서는 ‘미발급 대상’ 판단의 객관성과 일관성을 확보하기 위해 구체적인 세부 기준을 제시했다.

• 특수관계자 거래 시 과세자료 미제출 → 제출 대상 자료의 종류 명확화

• 반복 오류 발생 시 미발급 조항 → 반복 오류 유형 구분표 마련

• 보정통지 미수정 관련 조항 → 발급 대상으로 보는 ‘정당한 사유’의 범위 명시

• 가격신고 중대한 하자 관련 조항 → 중대한 하자 판단 세부 기준 제시

이러한 세부기준을 통해 세관의 자의적 판단 가능성을 최소화하고, 기업들이 사전 예측 가능한 납세 환경에서 업무를 처리할 수 있도록 지원할 예정이다.

■ 2026년 1월부터 시행… 납세 환경 투명성 제고

관세청은 이번 지침에 대한 외부 의견을 수렴한 뒤, 2026년 1월 1일부터 전국 세관에 적용할 계획이다.
또한 의견 수렴 과정에서 접수된 다양한 제안을 반영해, 현장 중심의 실무형 지침으로 완성도를 높일 방침이다.

이명구 관세청장은 “이번 지침을 통해 납세자의 불확실성을 해소하고, 전국 세관의 발급 업무가 통일되도록 해 투명하고 예측 가능한 납세 환경을 구축하겠다”며 “접수된 의견은 면밀히 검토해 최종안에 적극 반영하겠다”고 밝혔다.

세법 해석의 불명확성은 기업의 리스크이자 행정 비효율의 원인이다. 관세청의 이번 조치는 납세 행정의 신뢰성과 투명성을 높이는 중요한 전환점이 될 것으로 보인다. 명확한 기준이 현장에 자리 잡을수록, 기업의 예측 가능한 경영 환경도 강화될 것이다.

[비즈데일리 유정흔 기자]